Setelah bawang merah di panen tindakan yang harus segera dilakukan adalah pelayuan dan pengeringan. Hal ini mencegah kerusakan umbi akibat busuk atau serangan penyakit. Cara yang dapat ditempuh untuk mengeringkan bawang merah yaitu dengan penjemuran dan menggunakan teknologi sistem pengeringan dan penyimpanan.1. Pengeringan Cara pengeringan bawang merah yang dilakukan petani adalah dengan menjemurnya di bawah matahari. Ikatan-ikatan bawang merah dijajarkan dengan posisi umbi bawang di bawah dan daun diatas, dalam keadaan demikian, daun akan mendapat panas matahari langsung dan akan mengalami pengeringan lebih dulu. Agar proses pengeringan dapat berjalan terus tanpa terkendala cuaca dan tidak memerlukan tempat yang terlalu luas maka Balai Besar Pascapanen menggunakan suatu teknologi sistem pengeringan-penyimpanan (Instore Drying), dimana dalam sistim ini kondisi ruang dapat diatur sesuai dengan kondisi optimum untuk proses pengeringan - penyimpanan bawang. Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa pengeringan bawang merah dengan Instore Drying dapat dilakukan dalam waktu 3 hari. Hal ini berarti pengeringan bawang merah dengan Instore Drying lebih cepat jika dibandingkan pengeringan cara petani (penjemuran) yang bisa mencapai 9 hari. Selain itu pengeringan dengan Instore Drying juga tidak menyebabkan kerusakan yang berarti jauh lebih bila dibandingkan dengan penjemuran.2. Pembersihan dan Sortasi Pembersihan bawang merah merupakan kegiatan menghilangkan kotoran yang menempel pada umbi seperti tanah dan akar serta memperoleh umbi yang berkualitas baik. Sedangkan kegiatan sortasi dilakukan untuk memisahkan antara umbi yang baik (bernas, tidak cacat fisik atau busuk, berukuran seragam) dengan umbi yang jelek, rusak atau busuk.3. Penyimpanan Pada umumnya para petani bawang menyimpan bawang merah dengan menggantung ikatan bawang merah pada para-para diatas perapian dapur, namun jumlah bawang yang dapat disimpan dengan cara ini terbatas, tergantung seberapa luas dan seberapa besar tempat di atas perapian dapur. Untuk jumlah bawang yang banyak dibutuhkan ruang penyimpanan yang lebih luas dengan kondisi bersih, kering dan tidak lembab dengan ventilasi yang baik dan cukup banyak sehingga dapat memberikan pergantian udara dalam ruang dengan baik. Suhu yang baik untuk penyimpanan bawang merah adalah 30-340C dan kelembaban 65-75%.