Produksi kedelai di Indonesia sejak tahun 1995 cederung mengalami penurunan. Pada tahun2007 produksi kedelai hanya 35% dibanding produksi tahun 1995 (BPS, 2008). Sedangkan Yulianto B.etal (2008). Mengemukakan bahwa produksi kedelai tahun 2006 dan 2007 masing-masing mencapai 795.340 dan 782.530 ton, dan tahun 2009 diperkirakan turun menjadi 757.540 ton. Konsekwensi dari penurunan produksi adalah terjadinya defisit kedelai yang terus bertambah, karena konsumsi nasional cenderung meningkat dari tahun ke tahun. Saat ini, rata-rata nasional produktivitas kedelai di tingkat petani hanya sekitar 1,3 t/ha dengan kisaran 0,6 -2,0 t/ha, sedangkan di tingkat penelitian telah mencapai 1,7 – 3,2 t/ha bervariasi menurut kesuburan lahan dan penerapan teknologinya (Puslitbangtan.2008). Salah satu hambatan dalam peningkatan dan stabilisasi produksi kedelai di Indonesia adalah serangan penyakit karat daun yang disebabkan oleh cendawan Phakopsora pachyrhizi. Penyakit karat telah tersebar luas di sentra produksi kedelai di dunia. Di Indonesia, penyakit karat terdapat di sentra produksi kedelai di Sumatera, Jawa, Bali, Nusa Tenggara Barat, Kalimantan dan Sulawesi (Semangun.1991). Phakopspora pachyrhizi merupakan penyakit pentingpada kedelai. Penyakit karat dapat menurunkan hasil karena daun-daun yang terserang akan mengalami defoliasi lebih awal sehingga akan mengakibatkan berkurangnya berat biji dan jumlah polong yang bervariasi antara 10-90%, tergantung pada fase perkembangan tanaman, lingkungan dan varietas kedelai (Sinclair dan Hartman. 1999). Kehilangan hasil akibat penyakit karat di Indonesia mencapai 90% (Sudjono et al 1985).Besarnya kehilangan hasil bergantung pada berbagai faktor antara lain ketahanan tanaman. Pada varietas Orba, kehilangan hasil dapat mencapai 36%, sedangkan pada varietas TK-5 sebesar 81%(Sumarno dan Sudjono. 1977). Penyakit karat disebabkan oleh cendawan P. pachyrhizi.Spora cendawan dibentuk dalam uredium dengan diameter 25-50 µm sampai 5-14 µm. Uredospora berbentuk bulat telur, berwarna kuning keemasan sampai coklat muda dengan diameter 18-34 µm sampai 15-24 µm. Permukaan uredospora bergerigi. Uredospora akan berkembang menjadi teliospora yang dibentuk dalam telia. Telia berbentuk bulat panjang dan berisi 2-7 teliospora. Teliospora berwarna coklat tua, berukuran 15-26 µm sampai 6-12 µm. Stadium teliospora jarang ditemukan di lapangan dan tidak berperan sebagai inoculum awal. Di Amerika Latin, penyakit karat disebabkan oleh dua spesies, yaitu P. pachyrhizi yang sangat virulen dan P. meibomiae yang kurang virulen (Sumartini. 2010). Penyakit karat daun pada tanaman kedelai (Glycine max) yang disebabkan oleh cendawan Phakopsora pachyrhizi Klasifikasi dan ciri jamur Kingdom : FungiPhylum : BasidiomycotaClass : UrediniomycetesSubclass : Incerae sedisFamily : PhakopsoraceaeGenus : PhakopsoraSpesies : P. pachyriziCendawan P. pachyrhizi merupakan parasit obligat. Jika di lapangan tidak terdapat tanaman kedelai, spora hidup pada tanaman inang lain. Spora hanya bertahan 2 jam pada tanaman bukan inang.spora tidak dapat bertahan pada kondisi kering, jaringan mati atau tanah. Jika tidak ada tanaman kedelai, gulma yang termasuk ke dalam family Leguminosae dapat menjadi tanaman inang alternatif. GejalaGejala kerusakan tanaman akibat serangan penyakit karat kedelai adalah terdapatnya bintik-bintik kecil yang kemudian berubah menjadi bercak-bercak berwarna coklat pada bagian bawah daun, yaitu uredium penghasil uredospora. Serangan berat menyebabkan daun gugur dan polong hampa.Terjadi bercak- bercak kecil berwarna cokelat kelabu atau bercak yang sedikit demi sedikit berubah menjadi cokelat atau coklat tua. Bercak karat terlihat sebelum bisul- bisul (pustule) pecah. Bercak tampak bersudut-sudut karena dibatasi oleh tulang-tulang daun tepatnya didekat daun yang terinfeksi.Biasanya dimulai dari daun bawah baru kemudian ke daun yang lebih muda. Penyakit karat menyebabkan daun menjadi kering dan rontok sebelum waktunya. Stadium awal penyakit karat mungkin tidak dapat dibedakan dengan pustul bakteri atau embun bulu (downy mildew).AkibatAkibat yang ditimbulkan pada tanaman kedelai yang disebabkan oleh cendawan Phakopsora pachyrhizi adalah sebagai berikut :1. Berkurangnya produktifitas hasil panen2. Kerontokan pada daun sebelum masa panen3. Tanaman cepat layu dan mati karena proses foosintesis terganggu. Cara IndentifikasiCara mengidentifikasi dapat diketahui melalui proses infeksi dimulai dengan perkecambahan uredospora membentuk tabung kecambah tunggal yang menembus permukaan daun 5–400 µm melalui bagian tengah sel epidermis, sampai terbentuk apresorium (hifa infeksi). Berbeda dengan cendawan karat yang lain, pada cendawan ini penetrasi apresorium ke sel-sel epidermis daun langsung melalui kutikula, jarang melalui stomata. Jika melalui stomata, umumnya apresorium masuk melalui sel penjaga, bukan melalui sel pembuka. Proses penetrasi pada cendawan ini bersifat unik, cendawan mampu melakukan penetrasi secara langsung. Proses penetrasi tersebut memudahkan P. pachyrhizi mendapatkan inang yang luas. Uredium akan berkembang 5-8 hari setelah proses infeksi.Uredospora baru terbentuk 9 hari setelah infeksi, dan pembentukan dapat berlanjut sampai 3 minggu, sedangkan uredium berkembang sampai 4 minggu. Uredium generasi kedua akan tumbuh pada bagian pinggir dari tempat infeksi pertama, dan hal ini dapat berlangsung terus-menerus sampai 8 minggu Uredospora berkembang sangat cepat dan dapat dibentuk dalam jumlah yang sangat banyak. Jika satu bercak rata-rata memproduksi lebih dari 12.000 uredospora dalam 4-6 minggu maka dari 400 bercak akan terjadi serangan yang berat. Cara PenangananPenanganan penyakit karat dianjurkan dilakukan dengan memadukan beberapa komponen pengendalian yang ramah lingkungan untuk mendukung pertanian berkelanjutan. Komponen pengendalian penyakit karat meliputi penanaman varietas tahan serta penggunaan bahan nabati dan hayati.1. Penanganan dengan Fungisida NabatiPenanganan dengan fungisida nabati mempunyai keunggulan karena tidak mencemari lingkungan, bahannya tersedia di lingkungan sekitar, dan lebih murah dari pada fungisida sintetis. Dapat menggunakan minyak cengkih dalam melindungi tanaman kedelai dari infeksi penyakit karat. Intensitas serangan karat pada tanaman tanpa perlakuan minyak cengkih cukup tinggi; pada pengamatan umur 65 hari setelah tanam (hst) di rumah kaca dan pada umur 78 hst di lapangan, intensitas serangan karat berturut-turut sebesar 73% dan 34%. Intensitas serangan karat dengan perlakuan minyak cengkih bervariasi dari 5% hingga 21,60%.Daun tanaman kedelai yang diberi perlakuan minyak cengkih secara visual tampak sehat dan tidak terdapat atau sedikit gejala penyakit karat, sedangkan daun tanpa perlakuan minyak cengkih terdapat gejala penyakit karat. Dinding sel spora yang diberi perlakuan minyak cengkih mengalami lisis sehingga isi sel tersebar ke luar sel. Spora tanpa minyak cengkih memiliki dinding sel yang tetap utuh dan dapat membentuk tabung kecambah. Hal ini menunjukkan bahwa spora masih hidup.2. Penanganan dengan agen hayatiPengendalian dengan agens hayati dimaksudkan mengaplikasikan mikro organisme antagonis dari penyebab penyakit. Menurut Zadoks dan Schein (1979), cara pengendalian tersebut dapat meminimalkan jumlah inokulum awal dan mengurangi perkembangan penyakit. Keunggulan cara pengendalian tersebut adalah tidak mencemari lingkungan dan dengan satu kali aplikasi, efek residunya dapat bertahan lama, sampai beberapa musim tanam. Penggunaan bakteri sebagai agens antagonis juga berpeluang untuk pengendalian penyakit karat karena bakteri masuk ke dalam jaringan tumbuhan dan mengikuti transportasi cairan di dalam sel tanaman sehingga tidak terkena panas matahari secara langsung.