Meskipun kebutuhan air tercukupi dalam membudidayakan tanaman saat musim hujan, disamping itu petani juga akan banyak menemui kendala dan tantangan. Petani patut mewaspadai hal-hal yang dapat menyebabkan gagal panen, seperti Hama dan penyankit tanaman. Hama dan penyakit yang sering menyerang tanaman pada saat musim penghujan diantaranya adalah hama penggerek batang padi, wereng coklat, tikus, kresek dan tungro. Sedangkan pada tanaman hortikultura meliputi serangan busuk daun, layu fusarium dan ralstonia, penyakit kresek, antraknosa, bercak daun alternaria dan sebagainya. Pencegahan dini terhadap tanaman, khususnya terhadap keberadaan hama penyakit perlu dilakukan. Selain itu, pola tanam serentak dan pola tanam padi-padi-palawija dalam setahun dapat memutus siklus perkembangbiakan hama penyakit. Tanaman untuk tumbuh normal membutuhkan sinar matahari yang cukup. Kondisi langit yang mendung menyebabkan sinar matahari yang mengenai tanaman tidak merata, sehingga menyebabkan proses fotosintesis terganggu.(Syukri)