Varietas benih untuk budidaya bawang merah cukup banyak. Ada benih lokal hingga benih hibrida impor. Bentuk benihnya ada yang dari biji, ada juga berupa umbi. Kebanyakan budidaya bawang merah di sentra-sentra produksi menggunakan umbi sebagai benih. Benih bawang merah yang baik berasal dari umbi yang dipanen tua, lebih dari 80 hari untuk dataran rendah dan 100 hari dataran tinggi. Benih bawang merah yang baik setidaknya telah disimpan 2-3 bulan. Ukuran benih sekitar 1,5-2 cm dengan bentuk yang bagus, tidak cacat, berwarna merah tua mengkilap. Untuk Aceh Utara yang sebagian besar wilayahnya merupakan dataran rendah, pada umumnya menggunakan benih yang berasal dari umbi, dan varietas yang sering digunakan adalah varietas bima brebes. Varietas bima brebes merupakan salah satu varietas bawang merah yang lebih tahan pada daerah dataran rendah, dan serangan hama penyakit. Pada tahun 2018 pengembangan bawang merah di Aceh Utara semakin luas di beberapa kecamatan, seperti kecamatan Banda Baroe, Syamtalira Aron, Muara Batu, Baktiya Barat, Samudra, Meurah Mulia. Benih yang digunakan adalah varietas bima brebes.