Tanaman jeruk bali diharuskan untuk selalu dipupuk terus menerus secara teratur apalagi untuk yang kurang subur. Ada beberapa unsure hara yang sangat dibutuhkan oleh tanaman jeruk yang memacu tumbuh kembangnya. Nitrogen mempengaruhi pertumbuhan dahan, ranting dan daun. Keadaan buah dipengarui pula oleh unsure ini. Kalau nitrogen kurang rasa buahnya asam dan bila berlebihan memperlambat pematangan buah. Selain itu pemberian nitrogen secara berlebihan mengurangi daya tahan tanaman jeruk terhadap penyakit. Fosfor memacu pertumbuhan akar yang baik dari benih dan tanaman jeruk muda, oleh karena itu tanaman jeruk muda banyak memerluka fosfor. Kebutuhan ini meningkatkan mengikuti pertambahan umur tanaman jeruk. Peran lain unsure hara fosfor yaitu mempercepat pembuangan dan pemasakan buah, kekurangan unsure hara ini menyebabkan buah kecil kecil dan kaku. Kalium berguna untuk meningkatkan mutu buah jeruk. Bila tanaman jeruk bali ini kekurangan unsure kalium maka rasa buah hambar, tetapi bila berlebihan buahnya asam. Kalsium umumnya terdapat dalam jumlah yang memadai pada tanah. Bila jeruk kekurangan unsure ini menyebabkan daun menguning ( terutama tulang daun) lekas rontok dan tunas muda yang tumbuh cepat mati.Pupuk dimasukkan kedalam lubang yang di buat melingkari tajuk pohon, kedalam lubang pupuk 30 cm atau lebih sesuai dengan kedalaman akar tanaman jeruk. Bila tanaman sudah besar tajuk satu pohon dengan yang lainnya hamper bertautan.