Pengendalian organisme pengganggu tanaman (OPT) baik hama maupun penyakit tanaman bawang merah dapat dilakukan melalui strategi pengendalian hama terpadu (PHT) yaitu dengan mengombinasikan dan memadukan beberapa macam komponen pengendalian untuk menekan populasi hama dan penyakit, memperkecil kerusakan tanaman maupun kehilangan hasil. Jenis pestisida yang digunakan untuk mengendalikan penyakit yaitu fungisida maupun bakterisida mengaplikasinya harus mengacu pada lima tepat yaitu tepat jenis, tepat cara, tepat dosis, tepat sasaran dan tepat waktu. Untuk mengaplikasi fungisida dengan cara penyemprotan yang menggunakan hand sprayer maupun power sprayer harus memperhatikan beberapa hal, antara lain perlengkapan keselamatan berupa masker dan sarung tangan, memperhatikan arah angin serta jangkauan penyemprotan. Beberapa penyakit penting dan sering menyerang tanaman bawang merah antara lain: 1. Layu Fusarium (Fusarium oxysporum) Gejala serangan Daun bawang merah menguning dan terpelintir layu (mengosek/inul) tanaman mudah tercabut akibat serangan fusarium pada dasar umbi sehingga dapat mempengaruhi pertumbuhan akar. Serangan lebih lanjut menyebabkan kematian, dimulai dari ujung daun kemudian menjalar ke bagian bawah. 2. Bercak Ungu/Trotol (Alternaria porri) Gejala serangan Cendawan ini meninbulkan gejala bercak melekuk pada daun, berwarna putih dan kelabu, pada serangan selanjutnya terdapat bercak-bercak berupa cincin berwarna agak ungu dengan tepi agak merah atau keunguan dan dikelilingi oleh bagian berwarna kuning yang dapat meluas keatas atau kebawah bercak dan ujung daunnya menguning 3. Antraknosa (Collectrotichum gloesporroides) Gejala serangan Tampak bercak putih pada daun yang terserang dengan ukuran antara 1-2 mm, bercak tersebut berkembang dan melebar kemudian berubah warna menjadi putih kehijauan. 4. Penyakit Embun Tepung (Sercospora duddie) Gejala serangan Daun bagian luar dan ubi tertutup bulu-bulu halus berwarna ungu, kemudian daun menjadi layu dan mengering. Pengendalian Penanaman sebaiknya dilakukan pada musim kemarau Melakukan pergiliran tanaman yang bukan tanaman inang Menjaga kebersihan lahan dengan memotong daun-daun yang terinfeksi Menggunakan benih yang sehat dan bebas dari penyakit Memberikan perlakuan benih sebelum tanam Membuat drainase yang baik