Pengelolaan benih dalam rangka mempertahankan mutu fisiologis tidak dapat dilakukan secara parsial , melainkan harus dilakukan secara simultan dan sistematis dengan menerapkan kaidah-kaidah pengelolaan benih secara benar, mulai saat panen hingga penyimpanan. Benih kedelai termasuk benih yang cepat menurun mutu fisiologisnya setelah panen, karena itu lakukan tindakan secara cepat dan tepat. Mutu benih yang baik pada awal penyimpanan merupakan syarat penting bagi keberhasilan pengelolaan mutu fisiologis benih selama penyimpanan. Penyimpanan benih secara ideal,yakni pada kondisi suhu dan kelembapan ruang simpan yang rendah sekitar 18 derajat celcius dengan kelembapan relatif sekitar 60 % (ruangan ber AC dilengkapi dengan dehumidifier). Namun demikian, penyediaan fasilitas ruang simpan yang ideal di tingkat petani nampaknya masih sulit dilakukan. Untuk menanggulangi penyediaan benih kedelai bermutu pada akhir penyimpanan (sekitar 8 bulan) di tingkat petani, teknik-teknik sederhana berikut ini dapat diterapkan :Panen. 1) Lakukan panen pada saat mutu benih kedelai mencapai maksimal, yang ditandai bila sekitar 95 % polong telah berwarna coklat atau kehitaman (warna polong telah masak) dan sebagian besar daunnya sudah rontok, 2) Lakukan panen dengan cara potong pangkal batang, 3) Brangkasan kedelai hasil panen langsung dikeringkan (dihamparkan) di bawah sinar matahari dengan ketebalan sekitar 25 cm selama 2-3 hari (tergantung cuaca), gunakan alas terpal plastik, tikar atau anyaman bambu. Pengeringan dilakukan hingga kadar air benih kedelai mencapai sekitar 14 %, 4) Jangan menumpuk brangkasan basah lebih dari dua hari sebab benih akan berjamur sehingga mutunya rendah, 5) Bila musim hujan, lakukan brangkasan/polong diangin-anginkan dengan cara dihampar(tidak ditumpuk). Untuk mempercepat proses menurunkan kadar air benih kedelai, disarankan brangkasan dihembus dengan udara panas dari pemanas buatan (dryer). Perontokan. 2) Brangkasan kedelai yang telah kering (kadar air sekitar 14%) secepatnya lakukan perontokan. Perontokan dapat dilakukan secara manual atau secara mekanis. Apabila digunakan power threser, kecepatan silinder perontok disarankan tidak lebih dari 400 rpm. Secara umum perontokan benih perlu dilakukan secara hati-hati untuk menghindari banyaknya benih pecah kulit, benih retak, atau kotiledon terlepas, sehingga dapat menurunkan daya tumbuh.Pembersihan dan Sortasi. 1) Benih hasil perontokan perlu dibersihkan dari kotoran benih (potongan batang, cabang tanaman, dan tanah). Pembersihan dapat dilakukan menggunakan tampi atau menggunakan blower, 2) Untuk mendapatkan keseragaman ukuran benih, lakukan sortasi yaitu dengan memisahkan biji-biji yang ukuran kecil dan tidak dimasukan kedalam kelompok benih, 3) Buang biji tipe simpang, yakni benih-benih yang tidak memiliki sifat seperti yang tercantum pada deskripsi varitas, antara lain berdasarkan warna kulit dan bentuk benih. Membuang biji-biji tipe simpang dilakukan dari benih ke benih. Kegiatan ini untuk memperbaiki mutu genetik benih dari varitas yang bersangkutan.Pengeringan. 1) Benih yang sudah bersih dan seragam ukurannya,selanjutnya dikeringkan lagi hingga mencapai kadar air 9-10 %. Untuk menghindari timbulnya kerusakan mutu fisiologis benih akibat lamanya proses sortasi, disarankan setelah perontokan benih segera dikeringkan hingga kadar air mencapai 10 % baru kemudian disortasi, 2) Lakukan pengeringan di bawah sinar matahari dengan menggunakan alas terpal atau tikar dengan ketebalan benih sekitar 2-3 lapis benih, 3) Lakukan pembalikan setiap 2-3 jam agar benih kedelai kering secara merata. Unutk mencapai kadar air 9-10 % diperlukan waktu pengeringan sekitar 4 jam sehari selama 2-3 hari berturut-turut, 4) Jangan menumpuk benih dalam karung tertutup apabila benih dalam kondisi panas, melainkan benih perlu diangin-anginkan untuk menyeimbangkan suhu benih dengan suhu sekitarnya.Pengemasan. 1) Kemas benih dengan menggunakan bahan kedap udara untuk menghambat masuknya uap air dari luar kemasan kedalam benih, 2) Gunakan kantong plastik benih yang bening atau buram (kapasitas 2 atau 5 kg) dengan ketebalan 0,08 mm satu lapis atau 0,05 mm dua lapis cukup baik digunakan untuk mengemas benih kedelai hingga 8 bulan pada kondisi ruang simpan alami dengan kadar air awal 9-10 %, 3) Kemasan yang berisi benih kedelai harus tertutup rapat dengan cara diikat menggunakn tali atau di press, 5) Penggunaan kaleng/blek bertutup rapat dengan kapasitas 10-15 kg dapat digunakan untuk penyimpanan benih kedelai secara baik.Penyimpanan. 1) Benih dalam kemasan dapat disimpan di dalam ruangan beralas kayu atau pada rak-rak kayu agar kemasan tidak bersinggungan dengan lantai/tanah, 2) Benih dalam penyimpanan harus terhindar dari serangan tikus ataupun hewan pengganggu yang dapat merusak kantong atau benih,3) Jangan menyimpan benih dalam ruangan bersama pupuk atau bahan-bahan lain yang dapat menyebabkan ruangan menjadi lembap. Sumardi Sumber : Badan Litang Pertanian, 2013