Penyimpanan bawang merah biasanya dilakukan dengan menggantungkan umbi-umbi pada para-para yang sudah disiapkan. Untuk mempertahankan penyimpanan umbi, penyimpanan dilakukan pada tempat dimana suhu, kelembapa, sirkulasi udara dalam ruangan dapat diatur sesuai dengan kebutuhan agar bawang merah tidak mudah rusak selama penyimpanan, maka penyimpanan sebaiknya : Mutu bawang merah yang disimpan harus baik Kondisi ruangan penyimpanan harus bersih dan suhu sekitar 30-33º C Kelembapan sekitar 65 – 75 % Ventilasi harus memadai Beberapa bentuk penyimpanan yang biasa dilakukan oleh petani antara lain : 1. Penyimpanan diatas perapiah yang biasa dilakukan oleh petani bawang merah Penyimpanan ini banyak dilakukan oleh petani bawang merah kerena relatif lebih murah dan mudah dilakukan oleh petani Cara ini dapat menimbulkan kehilangan hasil cukup tinggi (20-70%) selama 2 bulan Para-para disusun bersilang dengan jarak antara 30-40 cm 2. Penyimpanan di ruang berventilasi Penyimpanan cara ini dilakukan dengan mengatur sirkulasi dan ventilasi udara yang bagus untuk menyimpan umbi Dalam ruangan penyimpanan dibuat para-para dari bambu/kayu yang letaknya disusun dengan baik, dengan jarak 30 cm Bawang merah ikatan disimpan diatas para-para Setelah disimpan selama 1,5 bulan dilakukan sortasi terhadap umbi yang keropos, busuk atau terserang OPT Untuk mencegah serangan penyakit pada umbi yang disimpan diberikan fungisida pada daunnya sebelum proses penyimpanan