Akar.Biji tanaman kapas terdiri dari endosperm dan embrio. Endosperm berisi persediaan makanan untuk perkecambahan, sedangkan embrio berisi bakal daun, lembaga, hipokotil dan bakal akar. Terjadinya imbibisi air oleh embrio menyebabkan biji membengkak, kulit bii pecah dan akar tunggang mulai tumbuh. Dari akar tunggang inilah akan tumbuh akar-akar cabang dan terus bercabang hingga membentuk akar-akar serabut. Pada waktu berkecambah, calon akar tunggang tumbuh terlebih dahulu masuk ke dalam tanah dan keping biji terangkat. Sebelum muncul di permukaan tanah, kulit biji terlepas dan daun lembaga membuka. Pada saat daun lembaga muncul di permukaan tanah, pertumbuhan akar mungkin sudah menembus tanah 20-25cm. Setelah epikotil tumbuh aktif, maka akar tumbuh ke segala arah apabila kelembaban tanah cukup, tidak ada kompaksi tanah, tidak ada gangguan uret tanah, penyakit dan serangan nematode, serta salinitas tanah tinggi. Batang dan CabangDalam keadaan normal, batang kapas tumbuh tegak, berwarna hijau,merah atau hijau kemerahan, dan umumnya berbulu. Batang kapas terdiri dari ruas dan buku. Dari buku akan tumbuh cabang vegetatif (cabang tidak berbuah) dan generatif (cabang yang berbuah). Cabang vegetatif biasanya terbentuk pada buku ke empat dan ke lima, sedangkan cabang generatif dimulai pada buku ke enam dan tumbuh mendatar dengan bentuk zig-zag. Selama pertumbuhan aktif, cabang generatif terbentuk tiap tiga hari. Jumlah cabang generaif bervariasi antara 15-20 tergantung pada varietas dan lingkungan. Cabang-cabang generatif akan menghasilkan kira-kira 50 kuncup bunga. Tipe percabangan dapat menyebar atau kompak tergantung pada varietasnya.DaunDaun kapas terbentuk pada buku-buku batang utama dan cabang- cabang generatif. Daun pertama terbentuk di buku ke dua pada umur 10-12 hari (buku ke satu berisi daun lembaga). Bentuk daun pertama sampai dengan kelima belum sempurna, kadang-kadang agak bulat atau panjang. Bentuk daun kapas dipengaruhi oleh varietas, dan bentuk daun tersebut mulai sempurna setelah daun yang ke lima. Bentuk daun kapas bermacam-macam, ada yang normal, antara normal dan okra, okra, solet, dan berputar. Beberapa varietas kapas ada yang daunnya berbulu, dan ada yang tidak. Warna daun kapas bervariasi dari hijau muda, hijau, hijau tua, hijau kemerahan , dan merah. Di bagian tulang daun permukaan bawah, kadang-kadang terdapat nectar. Pada daun terdapat stomata yang beperan pada proses fotosintesis dan respirasi. Jumlah stomata pada permukaan bawah kira-kira dua kali jumlah stomata pada permukaan atas. BungaKuncup bunga kapas mulai terbentuk pada umur 35-45 hari dan bunga mulai mekar pada umur 55-60 hari. Penyerbukan bunga terjadi sebelum bunga mekar pada pagi hari (jam 6-7). Pada saat mekar, berwarna putih atau kuning muda tergantung jenis dan varietasnya, namun pada pagi hari berikutnya bunga berubah menjadi merah, coklat dan kemudian gugur. Umur mulai berbunga dipengaruhi antara lain oleh varietas, suhu, ketersediaan air dan hara, serta serangan hama.Kuncup bunga berbentuk piramid kecil dengan kelopak berbentuk normal atau melintir berwarna hijau, hjau kemerahan atau merah. Pada umumnya hanya 35-40% dari kuncup bunga yang berhasil menjadi buah.Bagian-bagian bunga terdiri dari: 1) tangkai bunga; 2) daun kelopak tambahan yang melekat pada daun kelopak dan tangkai bunga; 3) daun kelopak bunga yang melekat mengelilingi dasar kelopak bunga; 4) mahkota bunga yang berjumlah lima helai dan terletak di dalam kelopak bunga; 5) tangkai kepala putik, bakal buah dan benangsari yang terdapat dalam mahkota bunga yang berlekatan satu sama lain membentuk sebuah tabung benangsari mengelilingi tangkai putik sampai ujung; 6) benangsari yang berwarna krem/kuning.Buah (Boll)Bentuk boll ada yang bulat, bulat telur, atau segitiga dengan berat 3-6 gram. Buah yang lebih berat berasal dari 6-7 cabang generatif bawah, sedangkan buah-buah yang terbentuk pada cabang-cabang biasanya lebih kecil. Buah kapas terdiri dari tiga sampai empat ruang buah (lokus) dan di dalam lokus inilah terdapat biji dan serat kapas.Biji dan seratBentuk biji bulat telur, berwarna coklat kehitaman . Biji kapas berukuran panjang 6-12 mm. Kulit biji ada yang berserat dan ada yang tidak, tergantung varietasnya. Serat kapas berasal dari perpanjangan sel epidermis kulit biji yang berlangsung sekitar 13-15 hari. Setelah pemanjangan terjadi penebalan serat dengan terbentuknya lapisan sellulose pada permukaan dalam serat. Pada waktu boll masak kulit, boll akan merekah, kadar airnya turun, serat kapas menjadi kering, terpilin dan siap dipungut. Serat melekat erat pada biji, berwarna putih, yang disebut fuzz(kabu-kabu). Biji kapas dilapisi kabu-kabu dan diluarnya terdapat lapisan serabut yang disebut serat kapas. Kulit biji yang menebal membentuk lapisan serat. Bagian serat terpanjang terdapat pada puncak biji. Berat serat kapas sekitar 1/3 berat kapas berbiji. Panjang serat yang dikembangkan di Indonesia sekitar 26-29 mm. Keterbatasan air pada periode pemanjangan serat akan mengurangi panjang serat. (Sri Wijiastuti, Pusluhtan).Sumber: Pedoman Budidaya Kapas. Direktorat Tanaman Semusim. Direktorat Jenderal Perkebunan. 2011.