Kedelai dipanen jika 70 % daun sudah menguning dan rontok serta polong sudah keras dan berwarna kecoklatan. Pemanenan bisa dilakukan dengan dua cara yaitu dengan cara mencabut langsung dan dengan cara dipotong diatas permukaan tanah, akan tetapi dengan cara diptong diatas permukaan tanah akan lebuh baik daripada dicabut langsung karena akar yang kaya Nitrogen ditinggalkan berdekomposisi ditanah. Kondisi ini akan menguntungkan tanaman yang ditanam setelah kedelai karena dapat mengurangi kebutuhan pupuk. Brangkasan harus segera dikeringkan untuk menurunkan kadar air sehungga memudahkan pembijian, pembijian segera dilakukan setelah berangkasan cukup kering atau banyak polong pecah. Pembijian dilakukan dengan cara sederhana yaitu dipukul-pukul dengan kayu atau dengan mesin perontok. Setelah dilakukan pembijian kemudian dibersihkan dari sisa-sisa brangkasan dan kulit polong lalu dijemur kembali agar biji benar-benar kering dengan kadar air 14 %.