Panen merupakan salah satu aktivitas pertanian yang dilakukan dengan mengumpulkan hasil dari komoditas pertanian yang telah ditanam. Panen dilakukan pada saat hasil tanaman pertanian telah mencapai cukup umur dengan tingkat kematangan yang tepat. Panen harus dilakukan sesegera mungkin dengan teknik yang tepat untuk meminimalisir kerusakan dan kerugian. Panen hasil tanaman kedelai dilakukan pada saat umur tanaman kedelai 75 – 110 hari. Hal yang penting untuk diperhatikan adalah adanya perbedaan umur kedelai yang dipanen untuk tujuan konsumsi dan dijadikan bibit. Kedelai yang dijadikan bahan konsumsi dipetik pada saat umur tanaman kedelai 75 – 100 hari. Sedangkan kedelai yang akan digunakan sebagai benih, dipanen pada saat umur tanaman kedelai 110 – 110 hari agar kemasakan biji benar – benar sempurna dan merata.Panen kedelai dilakukan apabila sebagian besar daun sudah menguning, tetapi bukan karena serangan hama atau penyakit, lalu gugur, buah mulai berubah warna dari hijau menjadi kuning kecoklatan dan retak-retak, atau polong sudah kelihatan tua, batang berwarna kuning agak coklat dan gundul. Panen yang terlambat akan merugikan, karena banyak buah yang sudah tua dan kering, sehingga kulit polong retak-retak atau pecah dan biji lepas berhamburan. Disamping itu, buah akan gugur akibat tangkai buah mengering dan lepas dari Panen kedelai dilakukan pada saat kadar air pada kedelai di bawah 30% dan lebih baik lagi jika kadar air dalam range 17 – 20%. Jika kedelai berkadar air tinggi dipanen, maka yang terjadi adalah kedelai menjadi keriput dan mutunya menyusut.Ada dua cara memanen kedelai yaitu dengan cara dicabut dan dipotong. Dicabut, berarti kedelai dipanen dengan cara mencabut seluruh tanaman kedelai yang telah siap dipanen. Teknik yang benar dalam mencabut tanaman kedelai adalah dengan memegang batang poko, tangan dalam posisi tepat di bawah ranting dan cabang yang berbuah. Teknik mencabut akan lebih mudah pada tanah ringan dan berpasir. Akan tetapi mencabut harus dilakukan dengan hati – hati sebab kedelai yang sudah tua mudah sekali rontok bila tersentuh tangan. Kedua adalah dengan memotong tanaman kedelai dengan alat pemotong yang tajam seperti sabit. Teknik memotong lebih cepat daripada mencabut dan dapat meminimalisir kedelai yang rontok akibat goncangan saat mencabut. Sisi positif lainnya dari teknik mencabut adalah kesuburan tanah yang lebih terjaga karena akar dengan bintil-bintilnya yang menyimpan banyak senyawa nitrat tetap tertinggal di dalam tanah.