Kartu tani dalam pelaksanaannya mengalami banyak kendala. Dari satu tahun berjalannya kartu tani di Kabupaten Wonogiri khususnya di Kecamatan Baturetno terdapat kendala yang masih perlu untuk di selesaikan antara lain masih ada petani yang belum mendapatkan kartu tani. Namun demikian walaupun belum mendapatkan kartu tani tetap dapat menebus pupuk bersubsidi asalkan petani tersebut masuk ke dalam daftar RDKK. Dalam pelaksanaan kartu tani juga terkendala mengenai pengisian saldo. Petani dalam mengisi saldo ke dalam kartu tani miliknya masih menggunakan jasa KPL sebagai agen BRI Link, sehingga terjadi tambahan biaya dalam pengisian saldo untuk membeli pupuk. Hal ini dipahami oleh petani menjadi tambahan biaya dalam pembelian pupuk. Walaupun sejatinya petani dapat mengisikan saldonya ke Kantor Unit BRI secara langsung. Petani juga bisa mengisi saldo melalui Karyawan BRI, namun pengisian secara kolektif. Dengan dua cara ini pengisian saldo ke kartu tani tidak mengalami biaya. Permasalahan yang harus segera diatasi adalah realokasi kuota pada kartu tani. Selama ini kuota memang di breakdown menjadi kuota per desa/gapoktan. Dari kuota desa tersebut kemudian dibagi kembali menjadi kuota per kelompok tani. Namun dengan penggunaan kartu tani, alokasi sudah langsung masuk ke masing – masing petani. Dalam pelaksanaannya, kuota yang masuk ke masing- masing petani tersebut akan menyulitkan karena tidak fleksibel dalam penggunaan kuota. Hal ini dapat diatasi dengan penebusan pupuk disesuaikan dengan kuota per kelompok tani. Pelaksanaan penggunaan kartu tani memang perlu banyak evaluasi dari berbagai pihak. Hal ini bisa diatasi dengan gencarnya sosialisasi dan koordinasi dari berbagai pihak. Untuk itu perlu perlu adanya kesadaran dari semua pihak terkait untuk bersama – sama mewujudkan penebusan kartu tani dengan sebaik-baiknya.