Mikroorganisme mempunyai peranan sangat penting dalam proses penguraian bahan-bahan organik. Umumnya dalam budidaya tanaman saat ini petani dihadapkan pada beberapa permasalahan iklim global yang cukup ekstrim. Kemarau yang panjang, sehingga berpengaruh pada luas panen. Kemunculan Organisme Pengganggu Tumbuhan sulit di prediksi ditambah lagi dengan kebiasaan petani selalu menggunakan pestisida kimia berlebihan sehingga sangat berpengaruh pada kelestarian lingkungan akibatnya kesuburan tanah mulai berkurang disebabkan berkurangnya bahan organik dan mikroba dalam tanah. Salah satu upaya pengendalian Organisme Pengganggu Tumbuhan (OPT) secara previntif adalah meningkatkan kesehatan perakaran menggunakan Mikroorganisme perakaran diantaranya adalah jamur Mikoriza, jamur Trichoderma dan bakteri Bacillus,Sp. Adapun manfaat dari Mikroorganisme perakaran adalah melancarkan metabolisme tumbuhan, tanaman menjadi toleran terhadap tekanan abiotik,meningkatkan pertumbuhan dan perkembangan tanaman, meningkatkan penyerapan unsur hara dan meningkatkan ketahanan terhadap serangan OPT. Fungsi Bakteri Bacillus,sp adalah: Menambat unsur Phospat Memacu laju pertumbuhan tanaman dan hasil panen Meningkatkan ketahanan terhadap serangan OPT, dengan cara memutus kontak komunikasi tanaman dengan OPT (serangan trip, infeksi virus kuning, terhindar dari penyakit layu, dan pencegahan patek/antraknos pada cabai) Dalam proses perbanyakan Bakteri Bacillus ,Sp sangat sederhana.Pertama,siapkan drum plastik kapasitas 150 Liter yang tutupnya dilubangi dan dipasanga pipa paralon, pompa Aerator. masukkan air bersih 70 liter melalui pipa ke dalam saringan air isi ulang yang didalamnya sudah ditambahkan saringan bakteri 0,1 µ .Kedua, permipan sebanyak 20 gram ditambah 3 gelas air direbus selama 20 menit dan didinginkan. Ketiga, tambahkan ke dalam bioreaktor Singkong sebanyak 0,5 kg direbus, diblender ditambah air dimasukkan ke dalam drum Selain itu masukkan juga biang bakteri (100 gram Bacillus) dan gula ke dalam bioreaktor. Nyalakan pompa aerator selama 5 hari. Aplikasi dilapangan Larutan Bacillus hasil perbanyakan diencerkan dalam air pH netral (5-7) dengan konsentrasi 1-2 ml/liter, kemudian disiramkan atau disemprotkan pada pembibitan. Campuran juga bisa untuk mengocor/menyemprot tanaman cabai mulai umur 2 minggu, dan diulang dengan interval 7-14 hari, tergantung kondisi tanaman, kalo sudah subur diulang lebih 10 hari, kalo belum cukup bisa dengan interval 7-10 hari. Jangan digunakan dengan dosis melebihi 3 ml/liter untuk mencegah efek klorosis tepi daun.Penggunaan dihentikan pada masa pembungan untuk mencegah kerontokan.