Pemupukan dilakukan sebanyak dua kali. Pertama pemupukan dilakukan sebelum padi turun tanam, pemupukan kedua dilakukan saat padi berumur 21 HST.Pupuk yang digunakan adalah pupuk TSP, pupuk KCl dan Urea. Kecukupan N dikawal dengan bagan warna daun (BWD) setiap 10 hari hingga menjelang berbunga. Pemupukan dilakukan dengan cara tabur. Posisi orang yang melakukan pemupukan berada pada barisan kosong diantara 2 barisan legowo. pupuk ditabur kekiri dan kekanan dengan merata, sehingga 1 kali jalan dapat melakukan pemupukan 2 barisan legowo. Selain dengan pupuk kimia juga dapat diaplikasikan pupuk kandang yang telah matang sempurna dengan dosis 2 t/ha atau pupuk organik Petroganik dengan dosis 1 t/ha yang diberikan pada saat pengolahan tanah kedua.