Persemaian merupakan awal infestasi dari OPT dan Musuh Alami (MA), sehingga persemaian yang sehat penting untuk awal budidaya tanaman. Kondisi Agroekosistem pada persemaian meliputi tanaman yang sangat muda dan rentan terhadap tekanan lingkungan dan OPT, diantaranya : Penggerek Batang Padi, Wereng Batang Cokelat (WBC), Penyakit Blast, Kresek dan Tungro.