Pengendalian gulma pada tanaman kedele dapat dilakukan dengan beberapa cara yaitu :1. Preventif (pencegahan)Pencegahan adalah suatu cara yang ditujukan terhadap spesies spesies gulma yang sangat merugikan dan belum tumbuh pada tanaman kedele. Sehingga, terdapat beberapa cara untuk mencegah masuknya gulma tersebut, yaitu:a. Pembersihan bibit-bibit pertanaman dari kontaminasi biji-biji gulma.b. Pencegahan pemakaian pupuk kandang yang belum matang.c. Pencegahan pengangkutan jarak jauh jerami dan rumput-rumput makanan ternak.d. Pemberantasan gulma di sisi sisi sungai dan saluran-saluran pengairan.e. Pencegahan pengangkutan tanaman beserta tanahnya.Apabila hal-hal tersebut diatas dapat dilaksanakan dengan baik, maka kemampuan gulma tumbuh akan kecil, sehingga daya saingnya juga kecil dengan tanaman kedelai. Selain itu, hal yang perlu dilakukan ialah mencegah agar gulma tidak berbuah dan berbunga. Disamping itu, perlu dilakukan pencegahan pada gulma tahunan agar tidak dapat berbiak, terutama dengan cara vegetatif.2. Pengendalian gulma secara fisik.Pengendalian gulma secara fisik dapat dilakukan dengan berbagai cara diantaranya sebagai berikut:a. Pengolahan tanah.Pengolahan tanah dengan menggunakan alat-alat cangkul, garu, bajak, serta traktor juga berfungsi untuk memberantas gulma. Efektifitas alat-alat pengolahan tanah didalam memberantas gulma. Tergantung dari beberapa seperti siklus hidup dari gulma, penyebaran akar, umur dan ukuran gulma serta jenis dan topografi tanah dan iklim. b. PembabatanPembabatan umumnya efektif untuk mematikan gulma setahun dan relatif kurang efektif untuk gulma tahunan.c. PenggenanganPenggenangan efektif untuk memberantas gulma tahunan. Caranya dengan menggenangi sedalam 15-25 cm selama 3-8 minggu.d. PembakaranPembakaran secara terbatas masih sering dilakukan untuk membersihkan tempat-tempat dari sisa-sisa tumbuhan setelah dipangkas.e. Mulsa (penutup seresah)Penggunaan mulsa dimaksudkan untuk mencegah agar cahaya matahari tidak sampai ke gulma, sehingga gulma tidak dapat melakukan foto sintesis.3. Mengendalian gulma dengan sistem budidayaCara pengendalian ini juga disebut pengendalian secara ekologis dikarenakan menggunakan prinsip-prinsip ekologi, yaitu mengelola lingkungan sedemikian rupa sehingga mendukung dan menguntungkan pertanaman, tetapi merugikan bagi gulmanya. terdapat beberapa cara yaitu :a. Pergiliran tanamanPergiliran tanaman bertujuan untuk mengatur dan menekan populasi gulma dalam ambang yang tidak membahayakan.b. Budidaya pertanamanPenggunaan varietas tanaman yang cocok untuk suatu daerah merupakan tindakan yang sangat membantu mengatasi masalah gulma. Penanaman rapat agar tajuk tanaman menutupi seluruh ruang kosong merupakan cara yang efektif untuk menekan pertumbuhan gulma.c. Pemberian naungan dengan tumbuhan penutup (cover crops)Adanya tanaman penutup tanah mengakibatkan pertumbuhan gulma menurun karena ruang tumbuhnya semakin sempit. 4. Pengendalian gulma secara biologisPengendalian gulma secara biologis ialah pengendalian gulma menggunakan organisme lain, seperti insektisida, fungi, ternak, ikan.5. Pengendalian gulma secara kimiawiPengendalian gulma secara kimiawi adalah pengendalian gulma dengan menggunakan herbisida.6. Pengendalian gulma secara terpadu.Pengendalian gulma secara terpadu yaitu pengendalian gulma dengan menggunakan beberapa cara secara bersamaan dengan tujuan untuk mendapatkan hasil yang sebaik-baiknya.