Hama-hama penting pada budidaya bawang merah serta cara pengendaliannya adalah sebagai berikut: 1. Ulat daun bawang (Spodoptera exiqua) Gejala serangan : Hal ini karena ulat menggerek daun dan masuk kedalamnya sehingga merusak jaringan daun sebelah dalam sehingga kadang-kadang daun terkulai.Cara pengendalian: Rotasi tanaman, waktu tanam serempak, atau dengan pengendalian secara kimiawi yaitu menggunakan Curacron 50 EC, Diasinon 60 EC, atau Bayrusil 35 EC. 2. Trips (trips tabaci Lind.). Gejala serangan : terdapat bintik-bintik keputihan pada helai daun yang diserang, yang akhirnya daun menjadi kering. Serangan biasanya terjadi pada musim kemarau. Cara pengendalian: Mengatur waktu tanam yang tepat, atau secara kimiawi yakni dengan penyemprotan Curacron 50 EC, Diasinon 60 EC , Bayrusil 35 EC. 3. Ulat Tanah (Agrotis Epsilon) Cara pengendalian: Dilakukan secara manual yakni dengan mengumpulkan ulat- ulat pada sore/senja hari di antara pertanaman serta menjaga kebersihan areal pertanaman. 4. Penyakit bercak ungu atau trotol (Alternaria porri) Gejala serangan : Pada daun yang terserang (umumnya daun tua) terdapat bercak keputihan dan agak mengendap, lama kelamaan berwarna ungu berbentuk oval, keabu2an dan bertepung hitam. Serangan umumnya terjadi pada musim hujan. Cara pengendalian: Rotasi tanaman, melakukan penyemprotan setelah hujan dengan air untuk mengurangi spora yang menempel pada daun. Pengendaluian secara kimiawi dilakukan dengan penyemprotan fungisida antara lain Antracol 70 WP, Ditane M-45, Deconil 75 WP, atau Difolatan 4 F. 5. Nematoda akar ( Ditylenchus dispaci) Gejala serangan: Tanaman kerdil dan tidak mampu membentuk umbi Cara pengendalian: Pemberian Furadan 3 G sebanyak 20 – 80 Kg per hektar