Perlindungan tanaman ditujukan terhadap Organisme Pengganggu Tanaman (OPT), terutama serangan hama dan penyakit. Upaya pengendalian hama dan penyakit harus dilakukan secara terpadu. Pengendalian Hama secara terpadu berdasrkan pemantauan, jika populasi tinggi atau kerusakan daun 12,5% dan kerusakan polong 2,5% tanaman perlu disemprot dengan Insektisida yang efektif. Pengendalian secara kultur teknis antara lain penggunaan mulsa jerami, pergiliran tanaman dan tanam serentak dalam satu hamparan serta penggunaan tanaman perangkap seperti jagung dan kacang hijau yang ditanam pada pematang sawah. Pengendalian Penyakit secara terpadu berdasarkan penyakit utama pada kedelai adalah karat daun, dikendalikan dengan fungisida. Pengendalian virus dilakukan dengan mengendalikan vektornya yaitu serangan hama kutu dengan Isektisida. Waktu pengendalian adalah pada saat tanaman berumur 14, 28 dan 42 hari atau menyemprot berdasarkan pengamatan populasi hama atau vektornya. Pengendalian Gulma secara terpadu dilaksanakan sebanyak 1-2 kali, tergantung kepadatan populasi gulma, yaitu pada umur 15-20 HST dan umur 35-40 HST. Pengendalian gulma dapat dilakukan secara mekanis, kultur teknis, kimiawi (herbisida) atau memadukan sebagian maupun seluruh teknik pengendalian tersebut diatas.