Pengendaiian hama daun, penggerek batang dan hama buah padi dapat menggunakan pestisida yang disemprotkan. Pengendalian hamadi padi gogo dengan semprotan terkadang sangat sulit, hal ini disebabkan tidak ada air pada saat akan diaplikasi padahal kerusakan hama atau populasi hama sudah mencapai ambang ekonomi. Salah satu usaha lebih awal adalah dengan menggunakan perlakuan benih (seed treatment), pada setiap saat pemupukan dicampur dengan insektisida bentuk butiran yang sistemik. Hama-hama yang biasa menyerang padi gogo adalah pemakan dan pengisap tanaman, penggerek batang padi, penggorok daun, dan pembuat furu. Sebelum melakukan pengendalian perlu diperhatikan ha-hal sebagai berikut: 1. Yakinkan hama dan penyakit apa yang menyerang 2. Lestarikan musuh alami dengan mengurangi atau tidak melakukan pengendalian 3. Amati populasi hama atau kerusakan, dam musuh alam Lakukan analisis ambang ekonomi berdasar musuh alami (Gambar 9). Lakukan pengendaiian dengan insektisida apabila musuh alami sudah tidak mampu mengikuti perkembangan hama atau penyakit padi. Penyakit yang banyak menyerang padi gogo adalah bias (Pyricularia grisea). Penyakit ini dapat dikendalikan dengan menyemprotkan fungisida pada saat anakan maksimum dan 5% berbunga. Fungisida yang dapat dipakai adalah yang berbahan aktif edifenphos, tetrachlorophthalide, kasugamysin, pyroquinon, benomyi, isoprotionalane, dan thiophanat methyl. (Sumber: Pedoman SLPTT Padi Gogo BBPT Padi)