Hama utama tanaman padi adalah werwng batang cokelat (WBC), penggerek batang padi (PBP) dan tikus. Sedangkan penyakit penting adalh blas, hawar, daun bakteri dan tugro. Pengendalian hama dan penyakit diutamakan dengan tanam serempak, penggunaan varietas tahan, pengendalian hayati, biopestisida, fisik dan mekanis, feromon dan mempertahankan populasi musuh alami. Penggunaan insektisida kimia selektif adalah cara terakhir jika komponen pengendalian lain tidak mampu mengendalikan hama penyakit. Pengendalian hama dan penyakit tujuannya untuk mencegah atau membasmi hama dan penyakit yang merusak tanaman padi. Pengendalian hama dan penyakit dengan alat semprot (handsprayer) menjadi lebih mudah karena posisi orang yang menyemprot pada barisan kosong dapat menyemprot 2 barisan legowo dalam satu kali jalan. Pada pengendalian hama dan penyakit dengan menggunakan alat semprot atau handsprayer, posisi orang berada pada barisan kosong diantara 2 barisan legowo. Penyemprotan diarahkan kekiri dan kekanan dengan merata, sehingga 1 kali jalan dapat melakukan penyemprotan 2 barisan legowo.