Penyakit busuk akar dan pangkal batang pada tanaman jeruk yang paling berbahaya adalah yang disebabkan jamur Phythopthora spp. (Semangun, 2004, Timmer et. al., 2000). Namun demikian ada beberapa penyebab lain yang perlu diwaspadai misalnya Armillaria sp, Phymatotrichum omnivora dan busuk akar Rosellinia sp (Timmer et. al., 2000). Prinsip Pengendalian Penyakit Busuk Akar dan Busuk Pangkal BatangPenyebab penyakit busuk akar dan pangkal batang, tergolong dalam penyakit sistemik. Pengendalian harus cepat dilakukan dan terstruktur, namun harus tetap ramah lingkungan. Prinsip Pengendalian tersebut meliputi : 1. MonitoringPekerjaan ini dilakukan bersamaan dengan pemeliharaan tanaman dan sebaiknya dilakukan lebih teliti pada waktu musim hujan agar bila ada infeksi baru dini dapat cepat dikendalikan. 2. Kultur Teknisa. Karantina, pembibitan dan pengelolaan kebun yang sehat. Kondisi ini diperlukan untuk memproteksi terhadap infeksi awal pada media untuk pembibitan. Proteksi dilakukan dengan cara disterilkan dengan pemanasan media. Penanaman pada tanah dangkal dengan cara diberi gundukan seperti di Kalimantan Barat, Kalimantan Selatan dan beberapa daerah di Jawa Timur. Sanitasi kebun yang baik untuk mengurangi kelembaban dan bagian tanaman yang terinfeksi dengan cara membuang bagian tanaman terinfeksi dan dibakar, serta melakukan pemangkasan bentuk dan pemangkasan produksi.b. Pengaturan drainase dan irigasi. Air hujan dan air pengairan jangan sampai menggenang di sekeliling pangkal batang dengan cara dibuat gundukan dan dibuat parit-parit agar air dapat mengalir dengan tuntas.c. Pemberian mulsa dan pupuk organik (pukan) terutama diperlukan pada tanah yang kurang air, atau pada musim kemarau. Selain itu meningkatkan aktivitas mikroba tanah untuk menginduksi jamur antagonis. Demikian juga manfaat pupuk kandang, unsur amonia dan asam organik yang terkandung dalam pukan didekomposisi menjadi bahan organik yang dapat membunuh jamur phythophthora, residu bahan organik menyediakan nutrisi bagi tanah untuk tumbuhnya jamur antagonis dalam tanah (Drenth and Quest, 2004). Yang penting diwaspadai dalam menggunakan pupuk kandang adalah jangan menggunakan pukan yang belum matang karena dapat merusak perakaran. Tanaman penutup (cover crops) dapat menurunkan penyakit busuk akar terutama phytophthora. Di Balitjeruk mulai meneliti cover crop jenis Arachis pentoii dengan mengadopsi dari teknologi pengendalian phytophthora pada kakao. Dianjurkan pemupukan nitrogen tidak terlalu tinggi karena dapat meningkatkan kejadian penyakit.3. Varietas Batang Bawah yang ToleranVarietas batang bawah yang toleran telah diketahui dari hasil penelitian di lahan pasang surut Kalimantan Selatan. Varietas batang bawah JC, RL, Cleopatra mandarin dan Poncirus trifoliata diketahui tahan terhadap phytophthora (Sutopo, et.al. 2006). 4. Pengendalian Ramah LingkunganPengendalian hayati dapat berupa agens hayati dan bahan nabati. Pada jeruk telah diteliti potensi Trichoderma harsianum, T. viride, serta bahan nabati cengkeh. Berikut referensi tentang pengendalian hayati untuk penyakit busuk akar, khususnya phytophthora. 5. FungisidaFungisida yang secara khusus direkomendasikan untuk penyakit akar dan busuk pangkal batang pada tanaman jeruk belum ada. Namun dari penelusuran referensi untuk penyakit phytophthora diketahui ada beberapa pestisida yang efektif untuk mengendalikan patogen penyebab penyakit (Erwin and Ribeiro, 1996) kelas Oomycetes termasuk phytophthora (Tabel 4). Selain itu saat ini dicoba beberapa fungisida yang mungkin dapat efektif mengendalikan phytopthora secara semi laboratorium. Sumber : 1. http://balitjestro.litbang.pertanian.go.id/id/waspadai-penyakit-busuk-akar-dan-pangkal- batang-tanaman-jeruk.html.2. Agromaret.com/artikel/671/penyakit-pada-tanaman-jeruk..3 www.litbang.pertanian.co.id. Penyakit pada Tanaman Jeruk.2012 Penulis : Iman Priyadi, (Penyuluh Pertanian Balai Besar pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian) email : imanpriyadi@yahoo.co.id