Salah satu kendala utamanya dalam usaha peningkatan produksi kedelai adalah adanya serangan jasad pengganggu tanaman yaitu Hama, Penyakit dan gulma.1. Hama utama tanaman kedelai adalah:• Perusak bibit : Lalat Kacang (Agromyza Phaseoli), Penggerek pucuk kedelai (Agromyza dolichostigma) dan Penggerek batang kedelai (melanagromyza sng ojae)• Perusak daun : Kumbang kedelai , Ulat grayak,Ulat jengkal, Penggulung daun (Lamprosema indicate)• Perusak polong : Pengerek polong (Etiella zinchenela) Pengisap polong, Kepik hijau• Hama lainnya : Hama yang dapat menularkan penyakit pada taaman kedelai (Fektor)Pengendaliannya :• Untuk mengatasi hama perusak bibit dapat dilaksanakan dengan: Tanam serentak, diadakan pergiliran tanaman yang bukan kacang-kacangan, menutup lubang tugal dengan jerami/ mulsa, Bila sudah ada serangan dikendalikan dengan dengan insektisida apa bila ditemukan itensitas serangan di ambang ekonomi.• Pengendalian terhadap hama perusak daun: mengupayakan agar periode vegetativef dapat dilakukanserempak dalam areal luas, pada daerah kronis dapat dilakukan pengolahan tanah untuk memastikan hama yang berada dalam tanah, pengendalian dengan insektisida dilakukan apabila populasi hama mencapai ambang ekonomi.• Pengendalian hama perusak polong dilakukan dengan cara : Pergiliran tanaman, tanam serentak, pengendalian dengan insektisida apabila di temukan intensitas serangan 2 % .2. Penyakit :• Penyakit penting yang menyerang tanaman kedelai:1. Yang disebabkan oleh virus: Mosaik kedelai, penhyakit kerdil kedelai,penyakit katai kedelai.2. Penyakit yang disebabkan fungi: Penyakit karat3. Penyakit yang disebabkan bakteri: Hawar daun, pathogen: Pseudomonas syringes, Bisul daun. • Cara Pengendalia:1. Penyakit virus:• Menanam varitas bebas virus• Pergiliran tanaman dengan tanaman bukan kacang-kacangan • Penggunaan varitas kedelai resisten• Menghindari tanaman kedelai inang virus lainnya• Mengendalikan viktor dengan insektisida.2. Mengendalikan Penyakit Bakteri:• Pergiliran tanaman dengan tanaman yang buklan inangnya• Menanam varitas resisten sehat dan bebas vatogen.