Di samping menggunakan benih bermutu, sebelum benih ditanam harus dilakukan perlakuan benih. Pada tanah yang baru ditanam kedelai, benih perlu diinokulasi dengan bakteri Rhizobium (misalnya Rhizoplus 3,75 gr/kg benih) dan untuk mencegah serangan semut, ulat Agrotis sp dan lalat bibit benih dicampur dengan insektisida sepert Sevin atau Marshal 25 ST sebanyak 10 gr/kg benih. Inokulasi bakteri Rhizobium bermanfaat untuk menambat nitrogen, sekitar 50% nitrogen di dalam tanah berasal dari penambatan oleh Rhizobium. Pada daerah yang baru pertama kali ditanam kedelai, sebelum benih ditanam perlu dicampur dengan bibit bakteri Rhizobium seperti Legin, Rhizogen atau Rhizoplus.Cara pemberian/inokulasi bakteri Rhizobium :1. Biji kedelai dibasahi dengan air secukupnya sampai lembab (kurang lebih 1 liter air untuk 10 kg benih).2. Air yang digunakan sebaiknya diberi zat perekat, untuk itu bisa dipakai larutan gula 1%.3. Selanjutnya bibit bakteri Rhizobium seperti (Legin, Rhizogen, Rhizoplus) dicampurkan secara merata pada biji yang telah dibasahi.4. Pencampuran dilakukan di tempat yang teduh (tidak terkena sinar matahari langsung).5. Biji yang telah dicampur dengan inokulum dikeringkan dengan cara diangin-anginkan sebentar dan hindarkan agar tidak terkena sinar matahari langsung.6. Biji harus segera ditanam dan jangan ditunda lebih dari 6 jam.7. Takaran inokulum yang diberikan adalah 37,5 gr/10 kg benih