Penyakit busuk buah akan mengakibatkan penurunan kualitas buah, produktivitas menurun, kegagalan penen dan bahkan mempercepat kematian tanaman cabai. Penyakit busuk buah pada tanaman cabai dapat di kelompokkan menjadi dua bagian yaitu penyakit busuk buah dikarenakan terinfeksi bakteri, dan penyakit busuk buah disebabkan oleh lalat buah.1. Busuk Buah Diakibatkan Infeksi Bakteri Penyakit busuk buah yang disebabkan oleh bakteri Erwinia carotovora. Bakteri ini akan menyerang tanaman cabe yang masih berbuah muda dan sudah hampir matang. Gejala awal infeksi bakteri ini menunjukkan tangkai buah akan membusuk atau kering, pangkal ujung berwarna kecoklatan kehitaman, dan kelopak buah akan mengalami perubahan warna. Penyakit busuk buah yang diakibatkan infeksi bakteri ini jika tidak diatasi akan mengakibatkan buah akan mengalami kebusukan parah, kegagalan panen dan bahkan buah cabe akan berjatuhan. Berikut cara pengendaliannya:Menggunakan bibit unggulan tahan terhadap bakteriMelakukan sinitasi dengan menjaga kebersihan lingkungan dan lahan tanamanMelakukan penanaman tidak terlalu rapat, terutama pada musim hujanMelakukan pemusnahan buah yang sudah terinfeksi atau membuangnya pada daerah yang jauhMenggunakan metode penanaman mulsa plastik, untuk mengurangi kelembaban media tanah.Melakukan penyemprotan dengan bakterisida, terutama agrimycin, kuprocat, plantomycin dan lainnya sesuai dengan dosis yang di tentukan. 2. Busuk Buah akibat Lalat buahBusuk buah diakibatkan lalat buah merupakan salah satu masalah atau gangguan yang sering pada berbagai tanaman hortikultura, terutama pada tanaman cabe. Lalat buah akan menyerang tanaman cabe yang masih berbuah muda hingga tua, gejala yang akan ditimbulkan adalah buah berwarna kekuningan, kecoklatan dan ada beberapa lubang pada buah, serta buah akan berbentuk abnormal.Buah yang sudah terinfeksi lalat buah akan mengalami perubahan yang sangat berbeda, hal ini dikarenakan lalt buah akan berkembangbiak didalam buah-buah yang sudah terinfeksi lalat buah. Berikut cara pengendaliannya:Memilih bibit atau benih tahan terhadap serangan penyakit lalat buahMelakukan sanitasi kebun atau lingkungan sekitarMelakukan penanaman dengan metode yang tepat dan tidak bekas dari tanaman lain sebelumnya.Melakukan perangkap lalat buahPenyemprotan insektisida berbahan aktif, misalnya prefonofos, metamil dan lainnya dengan dosis yang sesuai dengan petunjuk penggunaan.