Salah satu faktor penentu dalam usaha tani pepaya adalah hama dan penyakit yang tidak hanya mengakibatkan kemerosotan kuantitas dan kualitas produksi tetapi juga membuat buah menjadi busuk bahkan matinya tanaman. Pencegahan dan pemberantasan hama dan penyakit harus direncanakan dan dilaksanakan dengan serius. Ada 35 jenis hama yang menyerang tanaman pepaya, terdiri dari tungau, kutu, lalat buah, kumbang dan ngengat. Tingkat serangan dan kerusakan yang ditimbulkan bermacam-macam. Hama tanaman pepaya digolongkan menjadi 3 yaitu hama utama (pengendalian secara terencana dan berkesinambungan), hama sekunder dan hama insidental (pengendalian berupa tindakan operasional dan pengawasan agar populasinya tidak meningkat). Tungau adalah hama utama yang sangat halus, panjangnya kurang dari 0,8 mm sehingga luput dari perhatian petani dan kerusakan yang diakibatkan dapat dilihat setelah populasinya telah banyak. Tungau bergerombol pada berbagai bagian tanaman dan mengisap cairan sel. Daun pepaya yang terserang akan keriput dan rontok sebelum waktunya. Buah yang diserangnya akan rusak dan cacat. Tungau dapat dibasmi menggunakan Kelthane dan Morestan dosis 0,125%. Kutu daun Myzus persicae Sulzer termasuk hama tanaman pepaya yang memiliki tubuh lunak berwarna kehijauan dan kemerahan dengan panjang 2 -3 mm dan berkelompok di bagian sisi bawah daun. Kutu dewasa memiliki 2 bentuk tubuh (bersayap dan tidak bersayap). Kutu ini mengisap cairan sel daun hingga mengerut dan keriting dan dapat mengakibatkan daun layu dan patah. Pengendalian kutu ini dapat menggunakan insektisida Hosthation 40 EC dosis 0,10 – 0,15%, Tamaron 200 LC dosis 0,10 – 0,20%, atau Orthene 75 SP dosis 0,05 – 0,10 %. Kutu Aphis gossypii Glov berwarna hijau sampai hitam atau kuning kecoklatan, serangannya mengakibatkan tersendatnya pertumbuhan dan daun-daun mengerut ke arah dalam. Pengendalian dapat dilakukan menggunakan insektisida Basudin 60 EC dosis 0,2%. Lalat Dacus dorsalis Hendel dan Dacus cucurbitae hanya menyerang buah pepaya yang masak di pohon, sedangkan pada buah yang masih mentah tidak dijamah karena mengandung getah yang mereka takuti. Pemetikan buah saat tingkat kematangan buah tua atau menjelang buah masak mangkal adalah cara terbaik untuk menghindari serangan lalat ini. Kepik Nezara viridula L berwarna hijau dan panjangnya 16 mm menyerang tanaman pepaya dengan mengisap cairan daun menimbulkan bintik-bintik pada daun yang dapat merusak daun. Kepik ini dapat diberantas dengan insektisida Dursban 20 EC dosis 0,2 – 0,3%, Mikarb 50 WP dosis 0,2 – 0,4% atau Meothrin 50 EC dosis 0,1 – 0,2%. Thrips tabaci Lind mempunyai panjang 1 mm, merusak daun hingga berbintik-bintik halus keperakan dan bila serangannya hebat bintik-bintik tersebut menjadi bercak kering dan akhirnya daun mati. Hama ini dapat diberantas dengan insektisida Bayrusil 250 EC dosis 0,2% atau Dicarol 25 SP dosis 0,2 – 0,4%. Penyakit yang menyerang tanaman pepaya ada beberapa macam, seperti penyakit tepung (powdery mildew) yang menyerang daun tanaman (buah tidak diserang) semai dan tanaman yang telah berada di kebun. Penyebabnya cendawan obligat yang disebut Oidium caricae Noack. Pengendaliannya dengan hembusan tepung belerang dosis 0,7 % atau fungisida lain seperti Moresten 25 WP dosis 0,05 – 0,1 % atau Nimrod 250 EC dosis 0,1 %. Penyakit lainnya adalah penyakit layu (damping off) yang juga menyerang tanaman semai dan terjadi bila kelembapan serta suhu udara panas, terutama bila jarak tanam terlalu rapat. Serangan patogen berlangsung sangat cepat, terjadi kerusakan pada leher batang (berair) yang menyebabkan jaringan-jaringan di sekitar mati. Penyakit ini disebabkan Pythium aphanidermatum (Eds) dan Pythium ultium Trow atau cendawan Pytophthora palmivora Buil serta Rhizoctonia sp. Pengendalian dengan fungisida dan pencegahannya dengan melakukan kultur teknis yang baik (jika perlu media persemaian disterilkan dengan menggunakan formalin). Penyakit bercak daun mempunyai ciri daun berbercak-bercak putih kelabu sampai berwarna kuning (serangan hebat) dan mongering lalu mati. Buah juga diserang, tetapi tidak menyebabkan busuk dan hanya menimbulkan suatu bentuk gabus di bagian bawah epidermis. Penyebabnya adalah Cercospora papayae Hans dan ditemukan di seluruh areal pertanaman pepaya di Indonesia. Pengendalian dengan fungisida Maneb 80 dosis 0,1 – 0,2 % atau Zineb 80 WP 0,1 – 0,2 %. Ahmad wildani.,S.Pt