Hama dan penyakit menjadi masalah penting dalam produksi kedelai. Sistem pengendalian sudah lama dianjurkan. Namun penyebarluasan informasi tentang inovasi PHT ini sangat minim dilakukan sehingga berdampak penurunan laju produksi kedelai. Faktor-faktor penyebab gagalnya pengendalian hama penyakit kedelai adalah lemah dalam identifikasi hama dan gejala serangan, tindakan pengendalian yang terlambat, aplikasi insektisida yang kurang tepat, dan belum cukup informasi bioekologi hama.Pengelolaan tanaman terpadu (PTT) kedelai adalah suatu pendekatan inovatif dan dinamis dalam upaya peningkatan produksi dan pendapatan petani melalui perakitan komponen teknologi yang bersinergi antara yang satu dengan lainnya, diterapkan secara partisipatif oleh petani sehingga menjadi paket teknologi spesifik lokasi.Prinsip utama penerapan PTT1. Terpadu sumber daya tanaman, tanah dan air dikelola dengan baik secara terpadu2. Sinergis pemanfaatan teknologi terbaik, memperhatikan keterkaitan antar komponen teknologi yang saling mendukung3. Spesifik lokasi memperhatikan kesesuaian teknologi dengan lingkungan fisik, sosial budaya dan ekonomi petani setempat4. Partisipatif petani berperan aktif memilih dan menguji teknologi yang sesuai dengan kondisi setempat dan meningkatkan kemampuan melalui proses pembelajaran di laboratorium lapangan.Lemahnya pemanfaatan pengendalian hama tanaman kedelai1. Pestisida sebagai kebijakan pokok perlindungan tanaman dalam waktu lama2. Lemahnya penelitian dasar karena kuramgnya perhatian3. Pemasyarakatan yang terlambat4. Minimnya informasi dan terkesan ruwet dan rumit. Ekosistem pemicu timbulnya hama pada tanaman kedelai• Kedelai ditanam pada musim kemarau• Cuaca panas mendorong populasi hama• Keragaman waktu tanam• Keragaman kondisi kesuburan tanah• Keragaman sistem pengendalian hama• Inang tersedia di sepanjang tahun Hama pada tanaman kedelai antara lain1. Lalat bibit kacang (Ophiomya phaseoli)2. Kutu daun (Aphis glycine)3. Kutu kebul (Bemisia spp)4. Kutu daun tungau merah (Tetranychus bimaculatus)5. Ulat pemakan daun (Spodoptera litura)6. Ulat jengkal (Chrysodexis chalsites)7. Penggulung daun (Lamprosema indicata)8. Kumbang daun (Phaedonia inclusa)9. Penggerek polong (Helicoverpa armigera)10. Penggerek polong Etiella spp 11. Hama penghisap polong (Nezara viridula, Piezodorus spp, Riptortus linearis)Prinsip operasional pengendalian hama tanaman1. Budidaya tanaman sehat2. Pelestarian dan pemberdayaan musuh alami3. Pemantauan ekosistem secara terpadu4. Petani sebagai ahli PHT