a. Penyakit layu lakteri (Pseudomonas solanacearum) Penyakit ini menyerang pangkal batang. Penyerangan pada saat tanaman berumur 2-3 minggu. Penularan melalui tanah dan irigasi. Gejala: layu mendadak bila kelembaban terlalu tinggi dan jarak tanam rapat.Pengendalian : (1) biji yang ditanam sebaiknya dari varietas yang tahan layu dan kebersihan sekitar tanaman dijaga, pergiliran tanaman dilakukan dengan tanaman yang bukan merupakan tanaman inang penyakit tersebut. Pemberantasan: belum ada. b. Penyakit layu (Jamur tanah : Sclerotium rolfsii) Penyakit ini menyerang tanaman umur 2-3 minggu, saat udara lembab, dan tanaman berjarak tanam pendek. Gejala: daun sedikit demi sedikit layu, menguning. Penularan melalui tanah dan irigasi.Pengendalian: (1) varietas yang ditanam sebaiknya yang tahan terhadap penyakit layu; (2) menyemprotkan Dithane M 45, dengan dosis 2 gram/liter air. c. Penyakit Sapu (Witches Broom: Virus) Penyakit ini menyerang polong menjelang berisi. Penularan melalui singgungan tanam karena jarak tanam terlalu dekat. Gejala : bunga, buah dan daun mengecil. Pengendalian: menyemprotkan Tetracycline atau Tokuthion 500 EC. Penyakit ini menyerang daun dan polong yang telah tua. Penularan dengan perantaraan biji-biji yang telah kena penyakit, lebih parah jika cuaca cukup lembab. d. Penyakit anthracnose (Cendawan Colletotrichum glycine Mori) Gejala : daun dan polong berbintik-bintik kecil berwarna hitam, daun yang paling rendah rontok, polong muda yang terserang hama menjadi kosong dan isi polong tua menjadi kerdil. Pengendalian: (1) perhatikan pola pergiliran tanam yang tepat; (2) penyemprotan Antracol 70 WP, Dithane M 45, Copper Sandoz. e. Penyaklit karat (Cendawan Phakospora phachyrizi) Penyakit ini menyerang daun. Penularan dengan perantaraan angin yangmenerbangkan dan menyebarkan spora. Gejala : daun tampak bercak dan bintik coklat. Pengendalian: (1) menanam kedelai yang tahan terhadap penyakit; (2) menyemprotkan Dithane M 45. f. Penyakit bercak daun bakteri (Xanthomonas phaseoli) Penyakit ini menyerang daun. Gejala: permukaan daun bercak-bercak menembus ke bawah Pengendalian: menyemprotkan Dithane M 45. g. Penyakit busuk batang (Cendawan Phytium sp) Penyakit ini menyerang batang. Penularan melalui tanah dan irigasi.Gejala : batang menguning kecoklat-coklatan dan basah, kemudian membusuk dan mati. Pengendalian: (1) memperbaiki drainase lahan; (2) menyemprotkan Dithane M 45. h. Virus mosaik Penyakit ini menyerang bagian daun dan tunas. Penularan vector penyebar virus ini adalah Aphis glycine (sejenis kutu daun). Gejala : perkembangan dan pertumbuhan lambat, tanaman menjadi kerdil.Pengendalian: (1) penanaman varietas yang tahan terhadap virus; (2) menyemprotkan Tokuthion 500 EC.