Warna biji merupakan salah satu standar mutu yang menentukan tingkatan harga kakao mulia. Adanya campuran warna ungu lebih dari 15% memberikan dampak terhadap penurunan harga. Warna biji putih atau ungu terang merupakan salah satu komponen mutu yang sangat diperhatikan dalam perdagangan kakao mulia. Ekspresi warna biji kakao mulia dapat dipengaruhi lingkungan seperti pencemaran tepung sari yang menyerbuki atau disebut sebagai efek xenia. Selain itu warna biji kakao juga dipengaruhi oleh genetik. Untuk itu seleksi klon unggul kakao mulia berdasarkan warna biji menjadi hal yang penting. Penentuan warna biji dalam kegiatan seleksi klon unggul kakao mulia dapat dilakukan secara manual, kuantitatif dan spektofotometri. Seleksi klon unggul kakao mulia berdasarkan warna biji secara manual dilakukan dengan mengklasifikasikan warna biji putih, putih keunguan dan ungu. Metode pengamatan yang dilakukan dengan cara membelah biji satu persatu kemudian mengelompokan biji yang telah ditetapkan tersebut. Kendala yang dihadapi dalam pelaksanaan seleksi secara manual ini adanya perbedaan gradasi pola warna biji yang menimbulkan kesulitan dalam pengelompokan kelas warna biji. Seleksi klon unggul kakao mulia berdasarkan warna biji secara kuantitatif dilakukan dengan menggunakan alat conica minota. Metode pengamatan yang dilakukan dengan cara kromatografi dengan membedakan warna kromatik yang muncul. Nilai kromatik ini berdasarkan nilai kecerahan (putih), nilai kemerahan dan nilai kekuningan yang ditimbulkan pada saat kromatografi biji dilakukan. Seleksi klon unggul kakao mulia berdasarkan warna biji secara spektofotometri dilakukan dengan menggunakan alat spektofotometer pada panjang gelombang 530 dan 640 nanometer. Metode pengamatan yang dilakukan dengan cara mengukur ansorbansi warna merah atau ungu. Nilai absorbansi yang mendekati titik nol atau rendah dapat digolongkan ke dalam warna putih atau cerah. Seleksi klon unggul kakao berdasarkan warna biji ini akan sangat menentukan mutu dan harga kakao mulia. Hal ini dikarenakan perbedaan karakter warna akan mempengaruhi tingkat kandungan polifenol dan mempengaruhi kualitas citarasa yang dihasilkan oleh kakao tersebut. Semakin gelap warna biji kakao maka kandungan antosianin akan semakin tinggi. Dengan tingginya kadar antosianin maka tingkat keasaman akan semakin tinggi pula sehingga citarasa kakao yang dihasilkan akan rendah. Tingginya campuran biji ungu pada kakao mulia akan mengakibatkan turunnya harga. Mugi Lestari (PP BPPSDMP Kementan) Sumber : Indah Anita Sari dkk, 2012. Karakterisasi dan Penentuan Warna Biji Pada Beberapa Genotipe Kakao Mulia (Theobroma cacao L.) Sebagai Kriteria Seleksi. Pelita Perkebunan 28 (3) 2012. Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia, Jember. Indah Anita Sari dkk, 2013. Metode Penentuan Warna Biji Dalam Seleksi Klon Unggul Kakao Mulia. Warta 25 (2), Juni 2013. Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia, Jember.