Salah satu komponen teknologi dasar dalam Pengelolaan Tanaman Terpadu (PTT) yaitu pengairan / pengelolaan air. Kedelai merupakan tanaman yang rentan terhadap kelebihan atau kekurangan air, dan relatif membutuhkan sedikit air dibandingkan dengan tanaman padi. Pengairan pada tanaman kedelai bertujuan untuk memberikan air sesuai kebutuhan tanaman, secara efisien dan untuk membuat kandungan air dalam tanah tetap lembab, tetapi tidak becek.Pada lahan yg ditanami kedelai harus dibuatkan saluran drainase dengan tujuan : 1. Untuk menanggulangi kelebihan air ketika banjir / hujan2. Memudahkan pendistribusian air ketika air diperlukan3. Membuat kondisi tanah optimal untuk perkecambahan benih4. Mempermudah pelaksanaan perawatan tanaman, penyiangan, pemupukan dan penyemprotan / pengendalian hama5. Memepercapat pembuangan kelebihan airBila tidak ada hujan tetapi air irigasi tersedia, petani melakukan penggenangan air pada lahan tanaman kedelai / dileb air selama 15 – 30 menit, kemudian air dikeluarkan dari petakan dan biasanya dilakukan setiap 1 – 2 minggu sekali.Pada fase kritis tanaman kedelai ini sangat membutuhkan air yaitu :1. Pada saat periode pertumbuhan awal tanaman umur 15hari setelah tanam2. Awal berbunga umur tanaman 25hari setelah tanam3. Pada fase pembentukan dan pengisian polong, umur 75hari setelah tanamSelama masa stadia pemasakan biji tanaman kedelai memerlukan kondisi lingkungan yang kering agar diperoleh kwalitas biji yang baik. Dengan kondisi lingkungan yang kering ini akan membantu proses pemasakan biji lebih cepat dan bentuk biji yang seragam.