Hasil penelidan menunjukkan bahwa hama penyakit padi sawah tanpa olah tanah tidak berbeda dari padi sawah sistem olah tanah biasa. Oleh karena itu pengendaliannya sama dengan padi sawah biasa. Ada beberapa hama dan penyakit yang sering menyerang tanaman padi. Hama yang cukup mengganggu antara lain walang sangit, ganjur, penggerek padi, wereng, tikus, dan burung. Adapun penyakit yang sering menyerang tanaman padi antara lain hawar daun, bercak bakteri, hawar pelepah, busuk batang, bercak cokelat, blast, tungro, kerdil hampa, dan kerdil rumput. Dahulu petani sering melakukan tindakan gampang untuk memberantas hama dan penyakit ini, yakni dengan melakukan penyemprotan pestisida. Namun, cara ini sudah tak terlalu dianjurkan lagi. Banyak Jenis hama dan penyakit yang telah menjadi rentan atau tak mempan lagi disemprot. Selain itu pestisida dapat mencemari air irigasi atau sumber air di sekitarnya selain menghabiskan biaya produksi yang tidak sedikit. Tindakan pengendahan hama dan penyakit secara terpadu (PHT) pada padi sawah TOT juga dianjurkan. PHT merupakan suatu sistem pengelolaan populasi hama dengan menggunakan seluruh teknik yang cocok dalam suatu cara terpadu untuk mengurangi populasi hama dan penyakit serta mempertahankannya pada tingkat di bawah jumlah yang dapat menimbulkan kerugian. Berikut ini contoh pengendalian hama terpadu yang bisa diterapkan untuk mengendalikan hama wereng cokelat. 1) Jenis padi yang ditanam adalah yang tahan terhadap serangan wereng cokelat atau padi VUTW (vanetas unggul tahan wereng). Penggunaan varietas yang tahan ini pun dilakukan secara bergilir berdasarkan sifat ketahanan yang berbeda. 2) Penanaman padi dilakukan secara serempak pada daerah persawahan yang cukup luas. 3) Sawah tidak ditanami padi terus menerus, melainkan dilakukan pergiliran tanaman dengan jenis yang tidak disukai wereng cokelat. 4) Menjaga kebersihan areal sawah dan lingkungannya. Gulma-gulma atau semua sumber yang memungkinkan penyebaran hama dan penyakit dibersihkan. 5) Penyemprotan insektisida dilakukan jika jumlah wereng yang mengganggu tanaman sudah masuk ambang ekonomi. Gunakan Jenis dan dosis insektisida yang tepat agar penyemprotan menjadi efektif. (sumber: Bertanam Padi Sawah Tanpa Olah Tanah/Prof. Dr. Muhajir Utomo, Ir. Nazaruddin)