Di dalam usaha tani semangka, hama dan penyakit dapat merupakan kendala penting. Sebab, hal ini ikut menentukan keberhasilan maupun kegagalan budi dayanya. Di daerah tropika, siklus hidup hama dan penyakit terus berlangsung tanpa henti. Sedangkan di daerah subtropika dan daerah dingin, pemasak tanaman ini mengalami masa istirahat pada saat musim dingin. Akibatnya, kerusakan oleh hama dan penyakit akan berlangsung tems sepanjang tahun. Apalagi bila suatu saat kondisi ikiim sangat cocok, maka hama dan penyakit akan tumbuh berkembang secara subur dan cepat Perlu diperhatikan bahwa pestisida yang digunakan dalam pemberantasan hama/ penyakit jangan sampai membunuh lebah yang membantu penyerbukan. Adapun jenis penyakit dan pengendaliannya dapat dilihat lebih rinci adalah sebagai berikut : 1. Penyakit bercak daun bersudut (angular leaf spot) Penyakit ini menyerang daun dan buah semangka. Serangan pada daun menimbulkan bercak-bercak bonyok bersudut dibatasi oleh tulang daun. Pada daun bagian bawah keluar cairan yang menetes. Akhirnya, daun-daun berlubang dan gugur. Bercak pada buah akhimya menjadi busuk, keras, berwama cokelat sampai ke daging buahnya. Penyebab Pseudomonas lachrymans Carsner. Pengendalian Penyakit ini belum diketahui cara pemberantasannya. Usaha pencegahannya dengan melakukan sanitasi kebun sebaik-baiknya. 2. . Penyakit busuk buah erwinia Penyakit ini diawali dengan terjadinya kebusukan pada bagian bawah buah. Kulit buah menjadi mengkerut dan mengeluarkan cairan. Daging buah bagian dalam terus membusuk hingga seluruh buah busuk. Penyebab Erwinia aroideae Pengendalian Cara pemberantasan penyakit ini belum diketahui. 3. Penyakit virus mosaik Penyakit virus ini menyerang semua stadia tanaman. Namun, serangan hebat biasanya terjadi pada masa awal pertumbuhan tanaman. Jika serangan terjadi pada tanaman muda, maka pertumbuhan tanaman akan terganggu (terhenti), buah tidak pernah terbentuk, dan akhimya tanaman mati. Bila serangan terjadi pada tanaman dewasa, daun-daun akan mengkerut, menggulung ke bawah, kerdil berbercak-bercak, dan terhenti pertumbuhannya. Ruas-ruas cabang menjadi berbentukroset oleh tunas-tunas yang tumbuh tidak seperti biasa, berlipat ganda, rapat, dan pucat, Buah yang telah terbentukjadi berwama hijau pucat atau putih tidak teratur dan di beberapa tempat berbercak hijau gelap. Penyebab Virus mosaik yang ditularkan oleh kutu hijau. Pengendalian - Satu-satunya cara yaitu dengan menanam varietas yang resisten. - Menjaga kebersihan areal pertanaman. - Memberantas kutu hijau yang menularkan virus ini. Sumber : Mochd Baga Kalie, Bertanam Semangka, 1993, Depok