Penggunaan pupuk yang terutama ditekankan pada unsur hara makro saja tanpa memperhitungkan kebutuhan tanaman akan unsur hara mikro merupakan penyebab kekurangan unsur hara mikro mulai sering terdengar. Faktor lain adalah banyak diantara para petani yang memakai pupuk kandang dimana kandungan tiap unsur hara essensial terpenuhi termasuk di dalamnya unsur hara mikro sehingga mencegah terjadinya kekurangan unsur hara mikro pada suatu lahan. Pupuk yang mengandung unsur hara mikro sering dipakai terutama pada tanah – tanah masam, basa dan tanah-tanah organik dan sering digunakan bagi tanaman-tanaman yang peka terhadap kekurangan unsur unsur hara mikro tersebut.

Unsur hara mikro atau micro element diketahui menjadi bagian yang cukup penting dari tanaman. Unsur ini sangat sedikit dibutuhkan oleh tanaman, namun memiliki peran yang vital. Hampir sebagian besar dari unsur hara mikro ini adalah bagian dari enzim-enzim dalam tubuh tanaman atau sebagai co-enzym dalam beberapa sintesis. Beberapa contoh unsur mikro adalah Fe, MN, Zn, Cu, B, Mo, dan Cl. Memiliki karakteristik dan peran masing-masing dalam tubuh tanaman. Unsur mikro misalnya Boron dibutuhkan dalam jumlah yang kecil dan bagi beberapa tanaman misalnya kacang-kacangan cukup peka terhadap unsur ini. Boron dapat mempengaruhi perkembangan sel melalui pengaturan pembentukan pilosakarida. Kecepatan pembelahan sel juga dipengaruhi oleh kadar boron tanaman, demikian pula peranannya dalam sintethis pektin. Boron juga diketahui menghambat pembentukan pati. Hasil percobaan menunjukkan bahwa tanpa pemberian boron pada kacang-kacangan transpirasi menjadi berkurang.

Penggunaan pupuk mikro pada tanaman hortikultura sangat penting untuk menunjang pertumbuhan dan produktivitas tanaman. Pemberian pupuk dilakukan ketika tanaman sudah memasuki umur 3–4 minggu setelah tanam (MST), dengan aplikasi dua kali berupa tambahan pupuk mikro boron sebanyak 2 kg yang dicampurkan dengan NPK 4 kg untuk 100 liter air. Selanjutnya, pada usia 5 MST, pemupukan NPK diberikan secara dikocor dengan dosis 6 kg untuk 100 liter air, ditambah dengan 2 kg boron per 100 liter air.

Pupuk mikro maupun makro memberikan banyak manfaat, di antaranya merangsang pertumbuhan vegetatif, meningkatkan kandungan protein, memperbanyak jumlah bulir padi dan rumpun, serta membantu mencegah kerontokan bunga dan buah. Selain itu, pupuk juga berperan dalam meningkatkan ketahanan tanaman terhadap kekeringan, merangsang pertumbuhan akar, serta memperbaiki kualitas buah dan hasil produksi.

Pada fase vegetatif dan generatif, pemupukan mikro dilakukan secara foliar atau semprot dengan dosis 2,5 gram per tangki semprot yang mengandung unsur hara kompleks seperti Fe (2,5%), Mn (7,0%), Zn (5,0%), Cu (2,0%), B (2,0%), dan Mo (0,1%). Sedangkan pada fase generatif, tanaman membutuhkan pupuk tambahan dengan dosis 2 gram per liter air yang memiliki kandungan 13,5% nitrogen (N) dan 37,8% kalium (K).

Dengan pemberian pupuk mikro yang tepat pada setiap fase pertumbuhan, tanaman hortikultura akan tumbuh lebih optimal, memiliki kualitas hasil panen yang tinggi, serta mampu berproduksi secara maksimal.