Untuk pembijian atau pembenihan, buah semangka dipetik setelah masak. Sebulan setelah penyerbukan biasanya buah akan masak. Setelah dipetik, buah dibiarkan dulu selama seminggu di tempat yang mempunyai sirkulasi udara baik. Dengan demikian, buah akan menjadi benar-benar masak atau kelewat masak. Buah yang demikian bijinya lebih mudah dilepas. Kemudian daging buah akan mengalami fermentasi sehingga daging buah menjadi lunak. Kondisi dan wama biji menjadi lebih baik mutunya. Untuk mengeluarkan bijinya, buah dibelah menjadi empat. Dengan jari tangan, biji-biji ini dilepaskan. Selain itu, dapat pula digunakan cara fermentasi. Setelah buah dibelah, daging buah yang mengandung biji dimasukkan ke dalam ember plastik dan dibiarkan selama 24 jam. Daging buah ini akan mengalami fermentasi sehingga bijinya mudah dilepaskan. Pelepasan biji dengan cara ini sebaiknya dilakukan pada buah-buah yang baru saja dipetik. Namun, cara ini berdampak kurang baik terhadap warna dan daya tumbuh biji. Biji yang telah dilepas dari daging buah harus dicuci bersih dari sisa-sisa gula buah. Pencucian yang kurang bersih akan menyebabkan biji semangka kurang cerah dan kurang mengkilat. Pencucian sebaiknya dilakukan berulang-ulang dengan air yang mengalir. Tempat untuk mencuci dapat menggunakan ember plastik atau bakul bambu. Setelah dicuci, biji ditiriskan kemudian dijemur di atas tikar. Setiap jam biji ini dibalik sehingga setelah 3-4 jam sudah kering. Penjemuran biji sebaiknya dilakukan sebelum pukul 11.00 siang dan dijaga supaya tidak kehujanan. Setelah dijemur, biji masih perlu dikeringanginkan lagi. Hal ini dapat dilakukan di tempat teduh atau dalam ruangan yang tertutup asalkan ada sirkulasi udara. Pengeringan biji di atas lantai penjemuran kurang baik sebab suhu lantai dapat meningkat sehingga akan berpengaruh terhadap daya kecambah biji. Biji semangka sangat disenangi tikus. Agar terhindar dari serangan tikus, sebaiknya biji yang sedang dalam proses pengeringan disimpan di dalam karung yang digantung. Setelah benar-benar kering, biji di simpan di dalam kaleng yang tertutup rapat lalu diletakkan di dalam gudang penyimpanan yang memiliki suhu dan kelembapan rendah. Sumber : Mochd Baga Kalie, Bertanam Semangka, 1993, Depok